PTA heeft na vijftien jaar het oude logo vervangen en ‘cruiset’ daarmee tevens af op haar derde lustrum. Het nieuwe logo oogt fris en maakt onderscheid in de twee belangrijkste pijlers van PTA: Events en Cruises.
De golf in het logo is behouden, dit symboliseert het nautische deel van Passenger Terminal Amsterdam èn het karakteristieke gebouw aan het IJ. Het nieuwe logo is strak, modern en heeft een eigen lettertype. Het gebruik van nautische kleuren verwijzen naar lucht en water.
In maart 2000 werd de huidige terminal in gebruik genomen als eerste multifunctionele terminal in Europa. Naast de functie van passagiersterminal, is PTA ook een unieke eventlocatie. Een succesvolle combinatie die veel navolging kreeg in diverse havens over de hele wereld. PTA is het schoolvoorbeeld van prachtige moderne architectuur op historische grond met een bijzondere functie.